Dari 1985 hingga 1989 Wen menjalin hubungan dengan pelakon Australia, Brett Hinch dan membahagikan masanya antara Amerika Syarikat dan Australia. Pada 1990, Wen berkahwin dengan penulis filem Amerika Kirk Aanes. Mereka bercerai pada 1993. Pada 16 Jun 1995, Wen berkahwin kali kedua dengan Eric Michael Zee. Mereka mempunyai dua anak, seorang anak perempuan, Michaela Kitlin, lahir pada 21 November 2000, dan seorang anak lelaki, Cooper Dominic Zee, dilahirkan pad 12 Oktober 2005. Sehingga 2007, Wen dan keluarganya tinggal di Calabasas, California. Michaela mengikut jejak langkah ibunya dalam lakonan suara, dan meminjamkan suara Puteri Jun di siri animasi Disney Channel Sofia The First.